ثانوية الفرات واحدة من أقدم المدارس في القطر وأول مدرسة في محافظة دير الزور، يعود افتتاحها إلى عام1910 في أواخر عهد السلطان عبد الحميد الثاني ، وتقع في حي الرشدية ،وقد استمر بناؤها قرابة السنتين ونصف ، وتتألف من ثماني غرف موزعة على طابقين مع باحة واسعة ودورات مياه، وقد افتتحت عام 1910 كمدرسة تعليم المدارس السلطانية وكانت أول تسمية رسمية لها المكتب السلطاني نسبة إلى مرحلة التعليم والتي ضمت مرحلتين:
المرحلة الأولى : مرحلة التعليم الرشدية وتضم الصفوف6- 8 وتخرج منها أول دفعة من الطلاب 1913وحصلوا على الشهادة الرشدية التي تعادل الشهادة الإعدادية أو ما يسمى بمرحلة التعليم الأساسي العام.
وأما المرحلة الثانية: فهي مرحلة التعليم الإعدادي وتضم الصفوف من (9-12) وتخرج منها أول دفعة من الطلاب 1917 وحصلوا على الشهادة الإعدادية التي تعادل الشهادة الثانوية اليوم.
وبالنسبة للمناهج فكانت اللغة التركية اللغة الرسمية للمدارس النظامية إضافة إلى اللغة العربية ولغتين ثانويتين هي الفرنسية والانكليزية .
أما بالنسبة للطاقم التدريسي في المدرسة ، فيضم عدداً من المدرسين الأتراك ( للتدريس في المكتب السلطاني) وعدداً من أبناء المنطقة نذكر من بينهم ( الشاعر محمد الفراتي, الشيخ محمد سعيد العرفي, محمد ظاهر المدلجي, عبدا لله رويلي…)
وقد بدأ التوسع في بناء المدرسة في العام1920خلال فترة الاحتلال الفرنسي لتضم بعدها المدرسة مرحلتين التجهيز والثانوي أي الصفوف من(6- 12) وكذلك تم تغيير مناهج التدريس وفق مناهج التعليم الفرنسي و تم تسميتها بثانوية الفرات، وقد كانت مسرحا للمظاهرات والنضالات السياسية، ثم توسعت المدرسة في عام 1940 وقد صمم المبنى والذي لايزال قائما حتى الآن على شكل الرقم أربعين بالعربي نسبة الى سنة التي تمت فيها توسعت المدرسة.
ثم أجريت للمدرسة عدة أعمال ترميم وصيانة كان آخرها 2007م حيث تم إدراجها من قبل المديرية العامة للآثار والمتاحف ضمن المباني الأثرية .
تضررت الثانوية الأثرية والتاريخية كثيرا بفعل العصابات الإرهابية، وبعد تحرير المدينة بوشر بترميم الثانوية لتستعيد ألقها وتعود فيها الحياة والدراسة عام 2019 : ويقول مدير الثانوية وائل الخلوف الحسن: (نشهد اليوم عودة ثانوية الفرات بكل ما تحمل من صيغة ومفهوم وتاريخ -مئة وعشرة أعوام تاريخها- خرّجت الكثير من أبناء المحافظة، وكانت لهم منابر التميز والريادة في كافة المجالات، فـالفرات هي مدرسة ثانوية حكومية تقع على مقربة من نهر الفرات، يعود تاريخ بنائها إلى عام 1910 في فترة حكم العثمانيين، ما يجعلها أقدم مدرسة في المحافظة، وأدرجت في مديرية الآثار والمتاحف ضمن المباني الأثرية في المحافظة).
وتابع الخلوف: (تمت إعادة تأهيل الثانوية بكافة قاعاتها وصفوفها ومرافقها لتوضع بالخدمة من جديد هذا العام، وشهدت إقبالاً كبيراً من قبل الأهالي لتسجيل أبنائهم، وبلغ عدد الطلاب في الثانوية 1365 طالباً للمرحلتين الإعدادية والثانوية، تضمهم 30 قاعة صفية، ويقوم على تدريسهم 117 مدرّساً من الأكفاء في الحقل التعليمي، وتعد الثانوية ذات خصوصية، وفي ذاكرتها الكثير من الأسماء الذين شهدت لهم المحافظة بما قدموه، ومن درس فيها، ومن كان ضمن طلابها وعلى مقاعدها هم مصدر اعتزاز، ونعمل باستمرار لتبقى الثانوية كما عهدها أبناء دير الزور)